À l’UNICEF, il a appuyé de nombreux pays d’Afrique, d’Asie et des Amériques dans la formulation des politiques, la planification stratégique ainsi que la conception, la mise en œuvre, la revue et l’évaluation de programmes SRMNIA, VIH, paludisme, polio, nutrition et WASH.

Il a dirigé la réponse sanitaire de l’UNICEF aux épidémies d’Ebola au Libéria (2014-2015) et en RDC (2018), l’équipe régionale de l’UNICEF pour l’éradication de la polio (2016-2019) et le partenariat interagences des Nations Unies pour la SRMNI (2017-2018) en Afrique de l’Ouest et du Centre.

Il a été à l’origine de plusieurs initiatives, dont le Forum mondial PTME, l’Appel d’Abuja pour l’élimination de la transmission mère-enfant, le Rapport mondial sur la PTME, le renforcement des systèmes de santé de district (DHSS), les Communautés amies des enfants (CFC) et le Registre communautaire et sa version électronique.

Avant de rejoindre les Nations Unies, le Dr Ngongo a exercé pendant 13 ans comme clinicien et directeur d’hôpital à Tsabong et Masunga au Botswana, à Kabinda, Kalonda-Est et Lubao en RDC et à Petauke en Zambie ;

il a été médecin chef de district à Francistown (Botswana), à Kalonda-Est et à Lubao (RDC), puis responsable du Programme national de prévention de la transmission mère-enfant du VIH au Botswana. Il a étendu ce programme de deux sites pilotes (Gaborone et Francistown) à une couverture nationale complète en deux ans, de 2001 à 2003.

Ce programme est depuis resté le meilleur programme PTME d’Afrique subsaharienne. Le Dr Ngongo est un gestionnaire chevronné et un penseur stratégique, doté d’une solide expérience du renforcement des systèmes de santé pour la SRMNIA, les maladies infectieuses et les maladies non transmissibles.